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随着MES系统的进一步发展，MES和理念越来越多地相互融合，它们支撑着当今现代生产中的生产管理层次，汇集了生产运行中的生产管理、人员管理和质量管理等所有主要元素，有助于生产部门工作人员处理众多任务。
MES系统可以通过控制包括物料、设备、人员、流程指令和设施在内的所有工厂资源来提高制造竞争力，改善生产组织，缩短生产周期，减少在制品数量，降低或排除转换间的文书工作，改善产品质量，排除书面作业与蓝图作业的浪费和降低人力资源的消耗。通过实施MES系统的应用和益处有以下几点：
（1）在数据记录可追溯性方面的应用
MES系统能够通过更好地流程控制优化整个供应链，实时地记录过程步骤，通过对生产过程的监控和有效组织，确保产品的跟踪追溯和质量保证。
（2）在生产数据分析方面的应用
MES系统能够对实时的数据经过科学、准确地分析和整理，获得生产过程的实时精准情况，再通过报表、图等多样的表现形式呈现，提高用于评估流程和产品的数据质量，降低错误和缺陷的发生。
（3）在生产过程中生产计划实行以及变更的应用
MES系统能够实现整个生产过程的可视化和透明性；可仅对偏差进行分析，不需要再对正常运行流程进行仔细检查。
（4）在生产资源管理方面的应用
MES系统能够减少产品通过时间和保证交货时间，实时对车间信息流和物料流进行监控，减少在制品的存储成本等，提高生产精益管理水平和生产效率，提高产品交付的可靠性和客户的满意度。
（5）在生产数据采集方面的应用
MES系统能够实时获取生产过程数据信息，并做出相应的分析和处理，帮助管理人员快速做出能保证目标实现的决策。