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MES系统人力资源管理是指按照分钟级来更新和提供作业人员的状态以及相关信息数据，其中不仅包括出勤、工作时间等，还包括跟踪人员对产品生产所需物料、工装工具的准备等一系列非直接生产力的行为。并基于人员资历、工作模式和业务需求等信息，帮助管理者有效优化安排、管理。
MES系统人力资源管理模块的价值之处主要体现在以下几个方面：
1.人员信息管理
对于以往的员工数据库需要手动记录、存档，或存放于一些表格之中，各部门发生人事变动，也需要通过纸质函件进行沟通，大大降低了沟通效率，但在MES系统人力资源管理模块，则会实现人事信息共享，当人事架构发生变化时，系统也会实现实时变更记录情况，有效的保证人员信息的准确性，提高管理效率。
2.考勤管理
MES系统人力资源管理模块，则是将打卡设备与MES相连，将考勤情况实时录入系统，对员工到岗情况可以在线查询，还可以免除从打卡设备导出打卡记录相应的工作，从而达到方便、快捷、高效工作。
3.绩效管理
MES系统将制定员工KPI考核机制，从产品的质量、进度、成本、态度等方面进行考核，员工和管理层都可以看到考核结果，有利于员工发现工作不足之处，管理层便可以针对普遍发生的问题，调整工作计划，全面提高工作效率、工作质量。
4.薪酬管理
有些制造型企业采用的是员工计件的方式发工资，相对应公司的产品也是具有多品种、小批量，生产加工工序较多，计件数量工作量大等特点，容易出错且难以核对，MES系统人力资源模块将各产品生产工序计件标准工时导入系统，调用生产报工数据，解决数据统计量大、易出错的问题，做到计件数据有据可查，实现计件薪酬管理透明化、准确化。